Привет.

Скорее всего алгоритм будет такой:

1. В файле therion.ini отыскиваете строки 

### User defined coordinate system ###
# cs-def <id> <proj4id> [other options]

и определяете вашу СК63 в формате, который использует библиотека proj4,
например (система СК42, 6-ти градусные зоны, проекция Меркатора, центральный меридиан 45):

+proj=tmerc +lat_0=0 +lon_0=45 +k=1 +x_0=500000 +y_0=0 +ellps=krass +towgs84=23.92,-141.27,-80.9,-0,0.35,0.82,-0.12 +units=m +no_defs'

В СК63 будет другой центральный меридиан, возможно ненулевые смещения, можете поэкспериментировать с вашим определением системы координат,
превращая из неё в точки WGS и смотреть на карте, что получается.

Придумываете ей название, заменив им id (например sk63_7D).

2. После того как система координат помещена в therion.ini - используете её внутри ваших файлов съемки:
survey kungur
...
centreline
...
cs sk63_7D
fix RP69 277514,129 6354642,928 116,716 fix RP70 277520,993 6354627,894 116,777 fix RP71 277516,791 6354614,273 117,951 fix RP72 277491,899 6354594,305 117,899
endcentreline
endsurvey

Можно пойти другим путем - если у вас есть возможность точно узнать координаты реперов в "общепринятом" UTM (на эллипсоиде WGS, а не Крассовского) - то тогда 
ничего добавлять в therion.ini не нужно, используете код соответсвенной зоны, например

cs utm48,

а в качестве аргументов комманды fix - сконвертированные тройки значений x y z.